企業(yè)應對照《認定辦法》和本《工作指引》進行自我評價。
企業(yè)登錄“高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”（網(wǎng)址：www.innocom.gov.cn），按要求填寫《企業(yè)注冊登記表》（附件1），并通過網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)提交至認定機構(gòu)。認定機構(gòu)核對企業(yè)注冊信息，在網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)上確認激活后，企業(yè)可以開展后續(xù)申報工作。
企業(yè)登錄“高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”，按要求填寫《高新技術(shù)企業(yè)認定申請書》（附件2），通過網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)提交至認定機構(gòu)，并向認定機構(gòu)提交下列書面材料：
1. 《高新技術(shù)企業(yè)認定申請書》（在線打印并簽名、加蓋企業(yè)公章）；
2. 證明企業(yè)依法成立的《營業(yè)執(zhí)照》等相關(guān)注冊登記證件的復印件；
3. 知識產(chǎn)權(quán)相關(guān)材料（知識產(chǎn)權(quán)證書及反映技術(shù)水平的證明材料、參與制定標準情況等）、科研項目立項證明（已驗收或結(jié)題項目需附驗收或結(jié)題報告）、科技成果轉(zhuǎn)化（總體情況與轉(zhuǎn)化形式、應用成效的逐項說明）、研究開發(fā)組織管理（總體情況與四項指標符合情況的具體說明）等相關(guān)材料；
4. 企業(yè)高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）的關(guān)鍵技術(shù)和技術(shù)指標的具體說明，相關(guān)的生產(chǎn)批文、認證認可和資質(zhì)證書、產(chǎn)品質(zhì)量檢驗報告等材料；
5. 企業(yè)職工和科技人員情況說明材料，包括在職、兼職和臨時聘用人員人數(shù)、人員學歷結(jié)構(gòu)、科技人員名單及其工作崗位等；
6. 經(jīng)具有資質(zhì)并符合本《工作指引》相關(guān)條件的中介機構(gòu)出具的企業(yè)近三個會計年度（實際年限不足三年的按實際經(jīng)營年限，下同）研究開發(fā)費用、近一個會計年度高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入專項審計或鑒證報告，并附研究開發(fā)活動說明材料；
7. 經(jīng)具有資質(zhì)的中介機構(gòu)鑒證的企業(yè)近三個會計年度的財務(wù)會計報告（包括會計報表、會計報表附注和財務(wù)情況說明書）；
8. 近三個會計年度企業(yè)所得稅年度納稅申報表（包括主表及附表）。
對涉密企業(yè)，須將申請認定高新技術(shù)企業(yè)的申報材料做脫密處理，確保涉密信息安全。
認定機構(gòu)收到企業(yè)申請材料后，根據(jù)企業(yè)主營產(chǎn)品（服務(wù)）的核心技術(shù)所屬技術(shù)領(lǐng)域在符合評審要求的專家中，隨機抽取專家組成專家組，對每個企業(yè)的評審專家不少于5人（其中技術(shù)專家不少于60%，并至少有1名財務(wù)專家）。每名技術(shù)專家單獨填寫《高新技術(shù)企業(yè)認定技術(shù)專家評價表》（附件3），每名財務(wù)專家單獨填寫《高新技術(shù)企業(yè)認定財務(wù)專家評價表》（附件4），專家組長匯總各位專家分數(shù)，按分數(shù)平均值填寫《高新技術(shù)企業(yè)認定專家組綜合評價表》（附件5）。具備條件的地區(qū)可進行網(wǎng)絡(luò)評審。
認定機構(gòu)結(jié)合專家組評審意見，對申請企業(yè)申報材料進行綜合審查（可視情況對部分企業(yè)進行實地核查），提出認定意見，確定認定高新技術(shù)企業(yè)名單，報領(lǐng)導小組辦公室備案，報送時間不得晚于每年11月底。
經(jīng)認定報備的企業(yè)名單，由領(lǐng)導小組辦公室在“高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”公示10個工作日。無異議的，予以備案，認定時間以公示時間為準，核發(fā)證書編號，并在“高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”上公告企業(yè)名單，由認定機構(gòu)向企業(yè)頒發(fā)統(tǒng)一印制的“高新技術(shù)企業(yè)證書”（加蓋認定機構(gòu)科技、財政、稅務(wù)部門公章）；有異議的，須以書面形式實名向領(lǐng)導小組辦公室提出，由認定機構(gòu)核實處理。
領(lǐng)導小組辦公室對報備企業(yè)可進行隨機抽查，對存在問題的企業(yè)交由認定機構(gòu)核實情況并提出處理建議。
